Разработка и клиническая валидация набора реагентов для одновременного выявления вирусов гриппа А, В, гриппа А Н1pdm09 и коронавируса SARS-CoV-2

DOI: https://doi.org/10.29296/25877305-2023-04-17
Номер журнала: 
4
Год издания: 
2023

М.Ю. Дмитрюкова(1), кандидат биологических наук,
М.И. Малтызова(1),
М.Е. Сенина(1),
А.Е. Гущин(2, 3), кандидат биологических наук
1-ООО «НекстБио», Москва
2-Московский научно-практический центр дерматовенерологии и косметологии Департамента здравоохранения города Москвы
3-ООО «Интерлабсервис», Москва

Инфекции респираторного тракта являются основной причиной нетрудоспособности населения и экономических потерь от инфекционных заболеваний в мире. Раннее и точное выявление возбудителя позволит не только повысить эффективность лечения, но и снизит риск распространения эпидемий. Для повышения точности диагностики респираторных инфекций был разработан и валидирован набор реагентов для одновременного выявления коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома второго типа и вирусов гриппа А и В с типированием пандемического варианта гриппа А 2009 г. (H1pdm09), а также проведена его клиническая апробация. В качестве набора сравнения были использованы протокол ВОЗ для выявления коронавируса нового типа (TIB Molbiol (E gene)), и набор CDC Influenza Virus Real-Time RT-PCR Panel Influenza A/B typing Panel, предназначенный для типирования вирусов гриппа А и В. Исследование показало высокую чувствительность и специфичность набора относительно разных штаммов вируса гриппа А, В и коронавируса нового типа SARS-CoV-2. Аналитическая чувствительность набора составила 500 копий/мл при выявлении вирусов гриппа А и В, 250 копий/мл – для коронавируса SARS-CoV-2. Показано отсутствие перекрестных реакций с другими бактериальными и вирусными возбудителями респираторных инфекций. Клиническая чувствительность и специфичность относительно наборов сравнения составила 100%. Разработанный набор может быть рекомендован для применения в клинико-диагностических лабораториях для дифференциальной диагностики коронавирусной инфекции и гриппа А и В у лиц с симптомами респираторной инфекции.
Ключевые слова: 
валидация
полимеразная цепная реакция
SARS-CoV-2
грипп.
Для цитирования
Дмитрюкова М.Ю., Малтызова М.И., Сенина М.Е., Гущин А.Е. Разработка и клиническая валидация набора реагентов для одновременного выявления вирусов гриппа А, В, гриппа А Н1pdm09 и коронавируса SARS-CoV-2 . Врач, 2023; (4): 81-86 https://doi.org/10.29296/25877305-2023-04-17

Список литературы: 
  1. Отчет о текущей ситуации по борьбе с коронавирусом, 30 июня 2022. Коммуникационный центр правительства Российской Федерации [Report on current situation of COVID-19 control and prevention, Communication center of Russian Federation government. 30 July 2022 (in Russ.)]. URL: https://cdn.stopcoronovirus.ru/ai/doc/1442/attach/2022-06-30_coronavirus_government_ report.pdf
  2. Sallard E., Halloy J., Casane D. et al. Tracing the origins of SARS-COV-2 in coronavirus phylogenies: a review. Environ Chem Lett. 2021; 19 (2): 769–85. DOI: 10.1007/s10311-020-01151-1
  3. Smith G.J., Vijaykrishna D., Bahl J. et al. Origins and evolutionary genomics of the 2009 swine-origin H1N1 influenza A epidemic. Nature. 2009; 459 (7250): 1122–5. DOI: 10.1038/nature08182
  4. Everett H.E., Nash B., Londt B.Z. et al. Interspecies Transmission of Reassortant Swine Influenza A Virus Containing Genes from Swine Influenza A(H1N1)pdm09 and A(H1N2) Viruses. Emerg Infect Dis. 2020; 26 (2): 273–81. DOI: 10.3201/eid2602.190486
  5. Еженедельный национальный бюллетень по гриппу и ОРВИ за 52 неделю 2021 г. (27.12.21–02.01.22) [National weekly influenza bulletin of the Russian Federation, week 52 of 2021 (27.12.21–02.01.22) (in Russ.)]. URL: https://www.influenza.spb.ru/system/epidemic_situation/laboratory_diagnostics/?year=2021&week=52
  6. Kim E.H., Nguyen T.Q., Casel M.A.B. et al. Coinfection with SARS-CoV-2 and Influenza A Virus Increases Disease Severity and Impairs Neutralizing Antibody and CD4+ T Cell Responses. J Virol. 2022; 96 (6): e0187321. DOI: 10.1128/jvi.01873-21
  7. Swets M., Russell C.D., Harrison EM. et al. SARS-CoV-2 co-infection with influenza viruses, respiratory syncytial virus, or adenoviruses. Lancet. 2022; 399 (10334): 1463–4. DOI: 10.1016/S0140-6736(22)00383-X
  8. Aggarwal N., Potdar V., Vijay N. et al. SARS-CoV-2 and Influenza Virus Co-Infection Cases Identified through ILI/SARI Sentinel Surveillance: A Pan-India Report. Viruses. 2022; 14 (3): 627. DOI: 10.3390/v14030627
  9. Corman V.M., Landt O., Kaiser M. et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020; 25 (3): 2000045. DOI: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045
  10. Shu B., Kirby M.K., Davis W.G. et al. Multiplex Real-Time Reverse Transcription PCR for Influenza A Virus, Influenza B Virus, and Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2. Emerg Infect Dis. 2021; 27 (7): 1821–30. DOI: 10.3201/eid2707.210462
  11. US Food and Drug Administration. 510 (k): CDC Human Influenza Virus Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel. 2020 [2020 Mar 10]. URL: https://www.accessdata.fda.gov/cdrh_docs/pdf20/K200370.pdf
  12. Красько О.В. Статистический анализ данных в медицинских исследованиях: в 2 ч. Ч. I. Минск: МГЭУ им. А.Д. Сахарова, 2014; 127 с. [Kras’ko О.V. Statistical data analysis in medical studies: in 2 vol. Vol. I Minsk: MGEU im. A.D. Sakharova, 2014; p. 127 (in Russ.)].
  13. Yip C.C., Sridhar S., Cheng A.K. et al. Evaluation of the commercially available LightMix® Modular E-gene kit using clinical and proficiency testing specimens for SARS-CoV-2 detection. J Clin Virol. 2020; 129: 104476. DOI: 10.1016/j.jcv.2020.104476
  14. Abdelrahman Z., Li M., Wang X. Comparative Review of SARS-CoV-2, SARS-CoV, MERS-CoV, and Influenza A Respiratory Viruses. Front Immunol. 2020; 11 (11): 552909. DOI: 10.3389/fimmu.2020.552909
  15. Barra G.B., Santa Rita T.H., Mesquita P.G. et al. Analytical Sensitivity and Specificity of Two RT-qPCR Protocols for SARS-CoV-2 Detection Performed in an Automated Workflow. Genes. 2020; 11 (10): 1183. DOI: 10.3390/genes11101183
  16. Mizoguchi M., Harada S., Okamoto K. et al. Comparative performance and cycle threshold values of 10 nucleic acid amplification tests for SARS-CoV-2 on clinical samples. PLoS One. 2021; 16 (6): e0252757. DOI: 10.1371/journal.pone.0252757
  17. Bruce E.A., Mills M.G., Sampoleo R. et al. Predicting infectivity: comparing four PCR-based assays to detect culturable SARS-CoV-2 in clinical samples. EMBO Mol Med. 2022; 14 (2): e15290. DOI: 10.15252/emmm.202115290
  18. Platten M., Hoffmann D., Grosser R. et al. SARS-CoV-2, CT-Values, and Infectivity – Conclusions to Be Drawn from Side Observations. Viruses. 2021; 13 (8): 1459. DOI: 10.3390/ v13081459.
  19. Жирнов О.П. Асимметричная структура вируса гриппа А и новая функция матриксного белка М1. Вопросы вирусологии. 2016; 61 (4): 149–54 [Zirnov O.P. Asymmetrical structure of the Influenza A virus and novel function of the matrix protein M1. Problems of Virology. 2016; 61 (4): 149–54 (in Russ.)]. DOI: 10.18821/0507-4088-2016-61-4-149-154
  20. Baldo V., Bertoncello C., Cocchio S. et al. The new pandemic influenza A/(H1N1)pdm09 virus: is it really "new"? J Prev Med Hyg. 2016; 57 (1): E19–22.